当行政合同被认定为无效时，企业可以采取以下措施保护自身合法权益：
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寻求法律援助：企业可以寻求律师或法律顾问的帮助，对合同无效的原因进行分析，制定应对策略。
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协商解决：企业可以与相关部门进行协商，寻求解决方案，尽量减少损失。
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寻求上级部门支持：如果合同无效是由下级部门违规操作导致的，企业可以向上级部门寻求支持，要求重新审视合同内容。
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申诉维权：企业可以通过法律途径进行申诉，维护自己的合法权益，要求相关部门重新考虑合同有效性。
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寻求媒体支持：在合法合理的情况下，企业也可以通过媒体曝光事件，引起社会关注，增加舆论压力，促使相关部门重新审视问题。
总之，企业在面对行政合同无效时，应该保持冷静，理性分析，寻求合法途径维护自身权益，避免情绪化处理，以免造成不良后果。
