当行政合同被认定为无效时，通常需要进行以下处理方式：
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重新谈判和签订合同：如果双方仍希望继续合作，可以重新谈判并签订新的合同，确保合同内容符合法律规定。
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协商解决：双方可以协商解决无效合同所涉及的问题，达成一致意见，避免法律诉讼。
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请求赔偿：如果一方因为无效合同遭受了经济损失，可以向对方提出赔偿要求，或通过法律途径寻求赔偿。
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司法诉讼：如果双方无法就无效合同达成一致，可以通过司法途径解决纠纷，法院会根据实际情况判定各方的权利义务。
在处理无效行政合同时，建议双方保持沟通，尽量协商解决，避免长时间的法律纠纷，影响企业的正常经营。
举例说明：某政府部门与某公司签订了一个建设项目合同，但后来因为合同内容不符合相关法律法规而被认定为无效。双方可以重新谈判并签订符合法律规定的新合同，以确保项目能够顺利进行。
